Mặc dù không có con số cụ thể thiệt hại về vật chất, tổn thất được cho là đặc biệt lớn[2] trên khắp các khu vực bị cơn bão tấn công. Đã có ít nhất 173 người chết và 19 người khác mất tích.

Guam

Tại Guam, hơn một nửa số cây trồng đã bị hủy hoại bởi mưa và gió mạnh. Tổng thiệt hại đối với các tuyến đường giao thông trên đảo là 40.000 USD (USD 1961). Hầu hết thiệt hại xảy ra ở vùng Đông Nam của hòn đảo. Đã không có trường hợp thiệt mạng nào được báo cáo.[2]

Quần đảo Ryukyu và một số đảo nhỏ của Nhật Bản

Tại Okinawa, những vùng trũng thấp đã phải hứng chịu lũ lụt nặng nề, trong đó thiệt hại nghiêm trọng đã xảy đến với ngành nông nghiệp và các công trình xây dựng. Không có trường hợp thiệt mạng nào được ghi nhận ở Okinawa.[2]

Tại Amami-o-Shima, đã có một người chết và một người khác bị thương nặng. Một con tàu đã bị chìm. Lũ trên diện rộng phá hủy nhà cửa và cây trồng, kết quả khiến 152 người mất nhà ở.[2]

Nhật Bản

Tại Nhật Bản, cơn bão đã khiến 172 người chết, 18 người mất tích và 3.184 người khác bị thương. Con số thiệt hại về người mà Nancy đã gây ra xếp thứ sáu ở Nhật Bản vào thời điểm đó. Tuy vậy, số người thiệt mạng là khá thấp nhờ những cảnh báo kịp thời cùng với những sự chuẩn bị đầy đủ. Tổn thất nếu so với những cơn bão khác cũng tác động vào những khu vực đông dân cư ở Nhật Bản là tương đối "nhỏ".[2]

Cuộc sống sinh hoạt của hàng trăm ngàn người đã bị gián đoạn bởi cơn bão. Số ngôi nhà bị Nancy phá hủy là 11.539, hư hại là 32.604, và 280.078 ngôi nhà khác bị ngập lụt. Vào cuối tháng 9, Tờ báo "Stars and Stripes" đăng tải thông tin rằng đã có hơn 1.056 tàu biển và tàu cá bị chìm hoặc bị thổi vào bờ cùng với nhiều con tàu khác bị hư hại, dù vậy con số chính xác có thể không bao giờ được biết đến.[2]

Những dòng nước lũ đã cuốn trôi 566 cây cầu và gây ra 1.146 trận lở đất. Đã có tổng cộng 2.053 địa điểm trên các tuyến đường bị phá hủy.[2] Thiệt hại tại Osaka lên tới 500 triệu USD (USD 1961).[5]

Do những thiệt hại to lớn đã gây ra, Cơ quan Khí tượng Nhật Bản (JMA) đã đặt thêm cho Nancy một cái tên đặc biệt "Bão Muroto số 2". Chỉ có 8 cơn bão được nhận thêm tên đặc biệt tại Nhật Bản, và Nancy là một trong số đó.